鸡粪在所有禽畜粪便中养分最高、最全面 ，是有机肥生产的最好原材料，也是广大种植户自行沤制有机肥原料的首选 。如南方不少大型香蕉、柑桔基地都采用此方法。
据研究，鲜鸡粪中有机质含量在25.5%左右 ，此外还含有作物所需的大量元素 。据测定鸡粪中含有氮2.38%、磷2.65%、钾1.76%、氧化镁0.46% 。同时100公斤鸡粪分别相当于3.5公斤尿素、8.2公斤过磷酸钙、3.4公斤硫酸钾所含有的有效成分，同时肥料见效比一般的有机肥快。深得广大种植户喜欢 。
其实上以鸡粪为原料的有机肥在国外也很普遍，但其制作成有机肥的过程需要经过6次左右发酵。而中国南方种植基地基本上只是简单发酵。
但近几年香蕉、柑桔基地的应用现象表明，应用鸡粪也带来了不少的副作用 ，导致不少农场主开始摒弃这种传统的有机肥原料而转向正规的有机肥，为什么呢？
经调查发现 ，连续使用未经充分发酵或腐熟而直接施用到柑桔、香蕉上，给大型基地带来很大的害处 ：
1．传染病虫害 。
鸡粪中含有大肠杆菌 、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播 。其中鸡粪中种蝇成虫产卵有趋向未腐熟粪便的习性，施用未腐熟鸡粪越多，种蝇幼虫为害越重。幼虫钻入香蕉、柑桔根部，为害所造成的伤口，易于病原枯萎病微生物侵入 ，引起枯萎病的发生。同时有农户反映柑桔园用鸡粪后木虱特别多 ，黄化现象加剧。最近20年柑桔、香蕉基地线虫与枯萎病 、黄化现象等病害相互发生的趋势越来越明显，已成为基地生产当中挥之不去的恶梦。这也导致不少基地开始从源头上反省鸡粪这种传统的有机肥原料。
2．发酵烧苗。
发酵不充分的鸡粪施到地里后，当发酵条件具备时 ，鸡粪便开始发酵，若发酵部位距根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。当然这种情况比较少见。
3．酸化基地土壤。
鸡粪是强酸性肥料（PH值为3·6~~4·7），加上南方柑桔、香蕉果园土壤呈强酸性反应（PH值为4·2~~5·2），但是，最适合柑桔 、香蕉生长的土壤PH值为6~7。因此在柑桔、香蕉等果园里施用酸性鸡粪无异于“雪上加霜”，造成果树烂根、黑根、黄叶、树势早衰、黄化病，严重时导致柑桔、香蕉植株死亡。这种危害短时间内看不出来 ，只有连续种植几年以上才会发生 ，所以这种危害极具隐蔽性 。
4．重金属超标。
鸡粪中含有很高量的铜、汞、铬 、镉、铅、砷等重金属，还有较多的激素残留，造成农产品重金属超标，给食品安全、柑桔、香蕉产业的可持续发展埋下隐患。
5．利用不便 、效率低 。
随着人力成本的快速上升 ，未经处理的粪便，鸡粪不易运输 ，体积大，发酵时间长，翻堆时气味难闻 ，导致间接使用成本高。
综合以上原因 ，尽快鸡粪具有使用成本低，性价比高的特性，但随着大型种植基地的觉醒，这种传统的有机肥原料将会越来越多地被商品有机肥、有机碳肥 、腐植酸有机肥料所代替。
